رحمت‌الله نبیل، رییس سابق امنیت ملی می‌گوید که براساس اسناد موثق، ملا عمر، بنیانگذار طالبان توسط ملا اخترمحمد منصور، جانشین‌اش در تبانی با سازمان جاسوسی ارتش پاکستان (آی‌اس‌آی) به مرگ تدریجی کشته شده است.
او شب گذشته (سه‌شنبه، ۶ ثور) در رشته تویتی نوشته است که از این موضوع اعضای رهبری طالبان از جمله ملاحسن آخوند، نخست‌وزیر فعلی این گروه، ملا عبدالحکیم آخوند و ملا منان آخوند آگاهی دارند.
نبیل نوشته است که مرگ ملا عمر را اولین‌بار ریاست امنیت ملی دو ماه بعد از مرگش در سال ۲۰۱۳ میلادی افشا کرد.
طالبان بعد از نزدیک به یک دهه، دو روز قبل در مراسم بزرگداشت از نهمین سالگرد درگذشت ملا عمر، دلیل مرگ او را ابتلا به بیماری توبرکلوز اعلام کردند.
ذبیح‌الله مجاهد، سخن‌گوی طالبان در این مراسم گفت که بنیانگذار این گروه به‌دلیل این‌که به دارو و درمان دسترسی نداشت، از اثر توبرکلوز جان داد. او ملا عمر را “شهید” توصیف کرد.
مجاهد اشاره‌ی مشخص به محل مرگ ملا عمر نکرد، اما تاکید داشت که او همیشه در داخل افغانستان بوده است.
این در حالی است که دولت پیشین افغانستان می‌گفت که ملامحمد عمر در دو سال آخر زندگی در پاکستان بوده و همان‌جا در شفاخانه‌ای در شهر کراچی در جنوب پاکستان به شکل مرموزی درگذشته است.
در پی مرگ ملاعمر، ملا اختر محمد منصور رهبر طالبان شد. انتصاب او، منجر به تنش‌های داخلی میان طالبان شد و گروهی از بدنه اصلی این گروه در مخالفت با اختر محمد منصور، منشعب شدند.
چندین ماه بعد از کشته‌شدن اختر محمد منصور توسط حمله هوایی امریکا در پاکستان، هبت‌الله آخوندزاده، به‌عنوان رهبر طالبان اعلام شد و به گفته‌ی ناظران او توانست رهبری این گروه را دوباره منسجم کند.
اما در حال حاضر هم گفته می‌شود که رهبری طالبان به دو جناح عمده تقسیم است: شاخه‌های حقانی‌ها که عمدتا از پشتون‌های شرقی هستند و شاخه ملا برادر از پشتون‌های قندهاری. طالبان اما جناح‌بندی در رهبری‌شان را رد می‌کنند و می‌گویند که آنان یک رهبر دارند.
