هبت‌الله آخوندزاده، رهبر حکومت طالبان، اعضای شوراهای علمای ولایت‌های بامیان، دایکندی، سرپل، میدان‌وردک، غور و نورستان را اعلام کرد. به گفته منابعی در ولایت بامیان که عمدتا شیعه‌نشین است، از روحانیون شیعه در شورای علمای این ولایت هیچ کسی حضور ندارد.
ولایت‌های بامیان، دایکندی، غور، سرپل و میدان وردک اکثرا شیعه‌نشین هستند و یا شمار شیعیان در این ولایت‌ها قابل توجه است.
شوراهای علما، کارکرد مشورتی و نظارتی دارند و بخشی از ساختار حکومت طالبان است.
در اعلامیه‌ای که از سوی ذبیح‌الله مجاهد، سخنگوی حکومت طالبان منتشر شده، گفته شده است که مقام‌های ولایتی مکلف هستند که به مشورت‌های شوراهای علما عمل کنند.
یک منبع از بامیان که خواست نامش در گزارش ذکر نشود، به بی‌بی‌سی گفت که در فهرست ابتدایی که از قندهار به هبت‌الله آخوندزاده فرستاده شده بود، نام روحانیون شیعه درج بود: «[و] حتی قرار شد اکثر اعضای علمای شورای این ولایت از روحانیون شیعه باشد، به دلیل این‌که ولایتی عمدتا شیعه‌نشین است».
به گفته این منبع، پس از فیصله علمای شیعه و عبدالله سرحدی، والی طالبان برای بامیان«فهرست مشخصی متشکل از علمای شیعه و سنی به قندهار فرستاده شد، اما در فهرست صادر شده از سوی رهبر طالبان، نام هیچ روحانی شیعه دیده نمی‌شود.» در ولایت دایکندی هم بر اساس آن‌چه که سخنگوی حکومت طالبان نشر کرده، نام هیچ روحانی شیعه دیده نمی‌شود.
به گفته منبعی از ولایت دایکندی «تقریبا چهار ماه پیش فرم‌هایی بین ۲۵ روحانی شیعه و ۱۵ روحانی اهل تسنن توزیع شده بود تا انتخاباتی بین علمای این ولایت صورت بگیرد و نتیجه انتخابات به رهبر طالبان فرستاده شود. در فهرست پیشنهادی که به هبت‌الله آخوندزاده فرستاده شده بود، نام ۲۵ روحانی شیعه هم بود. اما در اعلامیه‌ای که از سوی هبت‌الله آخوندزاده نشر شده، هیچ روحانی شیعه حضور ندارد.»
پیش از این، از نبود روحانی شیعه در شورای علمای ولایت غزنی هم انتقاد شده بود. در حکومت قبلی، در انتخابات پارلمانی، همه ۱۱ نماینده‌ای که رای آورده بودند، شیعه بودند.
منابع در شورای علمای شیعه افغانستان می‌گویند که شیعیان در ۲۲ ولایت این کشور حضور دارند و در ولایت‌هایی چون کابل، بلخ، هرات، بامیان، دایکندی، قندهار، ارزگان و غور تعداد شیعیان قابل توجه است.
در ابتدای حکومت طالبان، شیعیان دست‌کم سه خواسته داشتند: رسمیت مذهب شیعه، اجرای قانون احوال شخصیه در محاکم و جذب کادرهای شیعه در سطوح میانی و بلند بدنه حکومت طالبان. هر سه خواسته شیعیان در حکومت قبلی عملا و رسما جامه عمل پوشیده بود. اما در حکومت طالبان هیچ یک از این‌ها صورت نگرفته است.
یکی دیگر از خواسته‌های شیعیان این بود که در تدوین قانون اساسی حکومت طالبان نقش داشته باشند. به تازگی حکومت طالبان اعلام کرده است که کار روی قانون اساسی حکومت طالبان به ریاست قاضی‌القضات طالبان، عبدالحکیم حقانی جریان دارد.
به گفته منابعی از شیعیان، هیچ یک از روحانیون و نمایندگان اهل تشیع در نوشتن این قانون دخیل نیست. شیعیان در حاکمیت طالبان با وضعیت بغرنج بی‌پیشینه‌ای روبه‌رو هستند چون در دو سال گذشته، مذهب شیعه رسمیت خود را از دست داده، قانون احوال شخصیه اهل تشیع در دادگاه‌ها عملا مورد استناد قرار نمی‌گیرند، تدریس فقه شیعه از دانشگاه‌ها حذف شده و محدودیت‌هایی هم در برگزاری مراسم مذهبی شیعیان وضع شده است.
